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重点实验室非常重视硕士研究生和优秀本科生的培养，积极制定人才培养方案，划拨专项经费，实施配套措施。五年共培养硕士生256人，在读期间发表科研学术论文300余篇，硕士研究生毕业论文评阅的优秀率达到25%以上，获自治区优秀硕士论文6篇、校级优秀硕士论文24篇，另有200余名本科生在实验室进行集中实践。
1 签订联合培养协议
为提高专业学位研究生培养质量水平，重点实验室先后与新疆维吾尔医药研究所（斯拉甫）、石河子大学化工学院（洪成林）、兰州军区乌鲁木齐总医院（尹东锋）、西北农林大学（王永华）、四川大学华西医院肿瘤生物治疗重点实验室（刘博）的导师签订了硕士研究生联合培养协议，2012年特聘北京大学医学部心血管研究所祁荣副研究员为硕士生导师。经双方协商同意互相开放仪器设备，共同开展科学研究，实现了资源共享、优势互补、互惠互利、双赢的效果，联合培养硕士研究生13名。
2 建立产学研联合培养基地
由重点实验室牵头，分别与新疆维吾尔自治区药物研究所和新疆华世丹药物研究有限责任公司在科研与人才培养方面合作，建成了石河子大学产学研联合培养研究生示范基地。根据制药工程专业学位研究生培养目标与要求，实验室和企业共同制定培养方案，在企业遴选相应的导师或副导师，实施双导师制，联合对“制药工程”专业的研究生进行培养和考核。自治区药物研究所有4名研究人员为我院兼职导师（顾政一、邢建国、孙玉华、黄华），联合培养研究生27人，合作科研项目2项，发表文章近20篇，发明专利3项，获奖2项。在新疆华世丹药物研究有限责任公司遴选副高职称以上导师3人（闫明、马芹、武嘉林），联合培养制药工程硕士研究生9人，共同申报国家科技支撑计划课题1项，兵团科技支疆项目1项；实验室与新疆华世丹药物研究有限责任公司共同建立了新疆特色药（维药）产业技术创新领域战略联盟、“兵团科技工程中心”。